Нечипоренко Юрий Дмитриевич

© "РУССКАЯ ЖИЗНЬ"

К читателю
Авторы
Архив 2002
Архив 2003
Архив 2004
Архив 2005
Архив 2006
Архив 2007
Архив 2008
Архив 2009
Архив 2010
Архив 2011

Редакционный совет

Ирина АРЗАМАСЦЕВА

Юрий КОЗЛОВ

Вячеслав КУПРИЯНОВ

Константин МАМАЕВ

Ирина МЕДВЕДЕВА

Владимир МИКУШЕВИЧ

Алексей МОКРОУСОВ

Татьяна НАБАТНИКОВА

Владислав ОТРОШЕНКО

Виктор ПОСОШКОВ

Маргарита СОСНИЦКАЯ

Юрий СТЕПАНОВ

Олег ШИШКИН

Татьяна ШИШОВА

Лев ЯКОВЛЕВ

"РУССКАЯ ЖИЗНЬ"

"МОЛОКО"

СЛАВЯНСТВО

"ПОЛДЕНЬ"

"ПАРУС"

"ПОДЪЕМ"

"БЕЛЬСКИЕ ПРОСТОРЫ"

ЖУРНАЛ "СЛОВО"

"ВЕСТНИК МСПС"

"ПОДВИГ"

"СИБИРСКИЕ ОГНИ"

РОМАН-ГАЗЕТА

ГАЗДАНОВ

ПЛАТОНОВ

ФЛОРЕНСКИЙ

НАУКА

Список публикаций в области естественных наук

Работы посвящены физике молекулы ДНК. В большей части рассматривались взаимодействия между ДНК и РНК, с одной стороны, и белками (или лекарственными соединениями), с другой. Именно такие взаимодействия лежат в основании регуляции активности генов. От того, как работают гены, зависит судьба клетки и жизнь всего организма - и понимание регуляции генетической активности является центральной проблемой молекулярной биологии. Молекулярный уровень такой регуляции сейчас хорошо изучен, существует немало количественных данных, что позволяет применять к описанию этих систем представления точных наук. Моделирование взаимодействий между молекулами происходит в рамках теории адсорбции. Одни молекулы проявляют сродство к другим молекулам, лиганды связываются с матрицами, возникают новые состояния живого вещества… Ряд работ был посвящен обнаружению необычной «параллельной» формы молекулы ДНК и физическому картированию генома: тем областям, которые получили название «нанобиология» и «нанотехнология». В 2010 году на физическом факультете МГУ по данным работам прочитан курс лекций «Биофизика ДНК».

 1. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Теория одномерной адсорбции на гомополимере. Учет различных ориентаций молекул лиганда. Биофизика, 1979, 24, 351-361.

2. Нечипуренко Ю.Д. Термодинамические параметры, характеризующие взаимодействие между молекулами лиганда, адсорбированными на полимере. Биофизика 1982, 27, 391-398.

3. Nechipurenko Yu.D. Determination from binding isotherms of thermodynamic parameters characterizing interactions between ligand molecules bound DNA. Studia Biphys. 1982, 87, 217-218.

4. Streltsov S.A., Khorlin A.A., Surovaya A.N., Gursky G.V., Zasedatelev A.S., Nechipurenko Yu.D., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Oligo-L-valin binds preferentially to GC-regions on DNA. Studia Biophysica, 1982, 87, 189-190.

5. Surovaya A.N., Streltsov S.A., Khorlin A.A., Gursky G.V., Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Specific binding interactions between DNA and oligopeptides which model the recognition sites of regulatory proteins. Studia Biophysica, 1982, 87, 191-192.

6. Nechipurenko Yu.D., Bourd S.B. Theoretical model for binding of ligands to ribosome. Europ. Journal of Biochemistry, 1983, 135, 469-470.

7. Куханова М.К., Бурд С.Б., Викторова Л.С., Нечипуренко Ю.Д., Готтих Б.П., Краевский А.А. Взаимодействие субстратов и субстратоподобных ингибиторов с пептидилтрансферазным центром рибосом Escherichia Coli. Молекулярная биология 1984, 18, 691.

8. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. 1 Неконтактные кооперативные взаимодействия. Молекулярная биология 1984, 18, 798 - 812.

9. Нечипуренко Ю. Д. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. П. Контактные кооперативные взаимодействия между адсорбированными лигандами. Молекулярная биология 1984, 18, 1066 - 1079.

10. Нечипуренко Ю.Д., Крылов А.С., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Взаимодействия между аналогами антибиотика Дистамицина А, адсорбированными на ДНК. Молекулярная биология 1984, 18, 332 - 342.

11. Нечипуренко Ю.Д. Связывание малых молекул с нуклеиновыми кислотами, имеющими третичную структуру. Биофизика 1985, 30, 231-232.

12. Нечипуренко Ю.Д., Волькенштейн М.В. Употребление синонимичных кодонов на границах двутяжевых участков во вторичной структуре мРНК. Доклады Академии Наук СССР, 1985, 282, 721-724.

13. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Анализ связывания белков и антибиотиков с фрагментами ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1985, 281, 213-216.

14. Скамров А.В., Рыбалкин И.Н., Бибилашвили Р.Ш., Готтих Б.П., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В., Жузе А.Л., Хорлин А.А. Специфическая защита ДНК дистамицином А, нетропсином, и биснетропсином от действия ДНКазы 1. Молекулярная биология 1985, 17, 177-195.

15. Нечипуренко Ю.Д., Волькенштейн М.В., Анализ расположения нуклеосом на сателлитной ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1986, 286, 216-220.

16. Nechipurenko Yu.D., Gursky G.V. Cooperative effects on binding of proteins to DNA. Bioph. Chem. 1986, 24, P.195-209.

17. Нечипуренко Ю.Д. Антикооперативные взаимодействия между ближайшими соседними хроматосомами. Биофизика 1988, Т.33, С.580-583.

18. Сприжицкий Ю.А., Нечипуренко Ю.Д., Александров А.А., Волькенштейн М.В. Закономерности сблоченности нуклеотидов в кодирующих и некодирующих последовательностях ДНК из различных организмов. Молекулярная биология 1988, Т.22, С.338-356.

19. Чуриков Н.А., Чернов Б.К. Голова Ю.Б., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные ДНК - возможность существования. Доклады Академии Наук СССР, 1988, 303, 1254-1258.

20. Sprizhitsky Yu.A., Nechipurenko Yu.D., Alexandrov A.A., Volkenstein M.V. Statistical analysis of nucleotide runs in coding and noncoding DNA sequences. J. Biomol. Struct. and Dynam. 1988, 6, 345-358.

21. Tchurikov N.A., Chernov B.K., Golova Yu.B., Nechipurenko Yu.D. Parallel DNA: generation of a duplex between two Drosophila sequences in vitro. FEBS Lett. 1989. Vol.257, P.415-418.

22. Йованович Б., Нечипуренко Ю. Д. Анализ распределения лигандов, адсорбированных на фрагментах ДНК. Молекулярная биология, 1990, 24, 478-486.

23. Ахрем А.А., Ландо Д.Ю., Шпаковский А.Г., Нечипуренко Ю.Д., Арутюнян С.Г. Влияние взаимодействия дальнего порядка между адсорбированными лигандами на переход спираль-клубок ДНК. Молекулярная биология 1990, 24, 649-656.

24. Чуриков Н.А., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные комплиментарные последовательности в природной ДНК: гипотеза параллельного биосинтеза. Доклады Академии Наук СССР, 1991, 318, 1233-1238.

25. Чжу-Цзин-Дэ, Ли Минь-Гань, Сюй Лю-Джун, Чжу Цзе-Цин, Ху Цзю-Юнь, Гу Минь-Мин, Сюи Яо-Лян, Чжан Лань-Пин, Хуань И-Ци, Б.К.Чернов, Ю.Д.Нечипуренко, Н.А.Чуриков Основные характеристики параллельной двойной спирали ДНК по данным сканирующей туннельной микроскопии. ДАН СССР, 1991, 317, 1250-1253.

26. Jing-de Zhu, Min-qian Li, Liu-zhong Xiu, Jiu-qing Zhu, Ju Hu, Min-ming Gu, Yao-liang Xu, Lan-ping Zhang, Ze-qi Huang, B.K. Chernov, Yu.D. Nechipurenko and N.A. Tchurikov Parallel srtanded DNA under the scanning tunnelling microscope. BBA. 1992. Vol.1115, P.239-242.

27. Нечипуренко Ю.Д., Попов Н.В., Исаев М.А., Шабалина С.А., Матвеева О.В. Модель множественных контактов, описывающая взаимодействие сайтов рРНК с мРНК. Биофизика, 1995, 40, 1208-1213.

28. Стрельцов С.А., Бородина М.В., Нечипуренко Ю.Д., Семенов Т.Е. Тривалин индуцирует образование гомо- и гетеро- квадруплексных структур ДНК. Биофизика 1997, 42, 378-388.

29. Стрельцов С.А., Нечипуренко Ю.Д. Определение константы димеризации дансилгидразидатривалина в растворе. Биоорганическая химия 1999, 25, 584-590.

30. Нечипуренко Ю.Д., Стрельцов С.А., Михейкин А.Л. Новая физическая интерпретация S-образных кривых: конкуренция между разными типами связывания лиганда с ДНК. Биофизика, 2000, Т.45, С.1044-1048.

31. Стрельцов С.А., Михейкин А.Л., Нечипуренко Ю.Д. Взаимодействие топотекана - ингибитора ДНК-топоизомеразы I с двунитевыми полидезоксирибонулеотидами. Молекулярная биология 2001 Т.35, С. 442-450.

32. Nechipurenko Yu.D., Mikheikin A.L., Streltsov S.A., Zasedatelev A. S., and I.R. Nabiev I.R. Mixed mode of ligand-DNA binding results in S-shaped binding curves. Journal of Biomol. Structure & Dynamics 2001 V.18, P. 703-708.

33. Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Streltsov S.A. Competition Between Different Ligand-DNA Complexes Produced S-shaped Binding Curves. J. Biomol. Struct. Dynam. 2001 V. 18, P. 913.

34. Streltsov S.A., Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu. D. Interaction of DNA Molecules in the Presence of DNA Topoisomerase I Inhibitor Topotecan. J. Biomol. Struct. Dynam. 2001 V. 18, P. 914-915.

35. Нечипуренко Ю.Д., Стрельцов С.А. и Евдокимов Ю.М. Термодинамическая модель образования мостиков между нуклеиновыми кислотами в жидком кристалле. Биофизика. 2001. Т. 46. С. 428-435.

36. Нечипуренко Ю.Д., Захаров М.А., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. «Мостиковые» структуры между молекулами нуклеиновых кислот, фиксированными в структуре жидкого кристалла. Биофизика. 2002. Т. 47. С. 600-606.

37. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Нечипуренко Ю.Д., Скуридин С.Г., Захаров М.А., Спенер Ф., Палумбо М. Молекулярные конструкции (суперструктуры) на основе двухцепочечных нуклеиновых кислот. Молекулярная биология, 2003, Т.37, С. 340-355.

38. Нечипуренко Ю.Д., Рябоконь В.Ф., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. Термодинамические модели, описывающие образование «мостиков» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Биофизика, 2003, Т. 48, С. 635-643.

39. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Термодинамические модели связывания лигандов с ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.773-796.

40. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Евдокимов Ю.М. Функция распределения, описывающая связывание протяженных лигандов с молекулами ДНК. Возможное применение для случая конденсации ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.802-811.

41. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в процессах регуляции экспрессии генов: рассмотрение с точки зрения статистической механики. Биофизика, 2003, Т.48, С.986-997.

42. Streltsov S.A., Oleinikov V., Ermishov M., Mochalov K., Sukhanova A., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S., Zhuze A., Pluot M., Nabiev I. Interaction of clinically important human DNA Topoisomerase I poison, Topotecan, with double-stranded DNA. Biopolymers (Biospectroscopy), 2003, V.72, P.442-454.

43. Riabokon V.F., Nechipurenko Yu.D., Semenov S.V., Yevdokimov Yu.M.  Model describing the formation of “bridges” between nucleic acids in liquid-crystalline dispersions. J. Biomol. Struct. Dynam. 2003, V. 20, P. 886.

44. Nechipurenko Yu.D., Wolf A.M., Salyanov V.I., Yevdokimov Yu.M. Model of formation of liquid-crystalline dispersions in the process of the DNA-chitosan binding. J. Biomol. Struct. Dynam. 2003, V. 20, P. 887.

45. Рябоконь В.Ф., Нечипуренко Ю.Д., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. «Мостики» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Описание с точки зрения теории адсорбции.  Жидкие кристаллы и их практическое использование, 2003, вып. 48, С. 69-78.

46. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. Равновесная адсорбция лигандов на ДНК (на примере хитозана). ЖЭТФ, 2004, Т. 125, С. 103-111.

47. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Крылов А.С., Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М. Формирование жидкокристаллических дисперсий комплексов (ДНК-хитозан) в условиях объемного заполнения. Биофизика. 2004. Т. 49. С. 789-799.

48. Рябоконь В.Ф., Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Количественные методы анализа диаграмм фут-принтинга для комплекса лиганда с ДНК с известной последовательностью. Доклады Академии Наук 2004, Т. 398, С. 832-837.

49. Никифоров В.В., Кузнецов В.Д., Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И., Евдокимов Ю.М. Магнитные свойства меди в составе наномостиков, образованных между фиксированными в пространстве молекулами ДНК Письма в ЖЭТФ, Т.81, С.327-329.

50. Захаров М.А., Соколовская Л.Г., Нечипуренко Ю.Д., Лорткипанидзе Г.В., Евдокимов Ю.М. Формирование наноструктур на основании двухцепочечной ДНК. Биофизика Т.50, С. 824-832.

51. Nechipurenko YD, Jovanovic B, Riabokon VF, Gursky GV. Quantitative methods of analysis of footprinting diagrams for the complexes formed by a ligand with a DNA fragment of known sequence. Ann N. Y. Acad Sci. 2005 V.1048 P. 206-214.

52. Yevdokimov YM, Skuridin SG, Nechipurenko YD, Zakharov MA, Salyanov VI, Kurnosov AA, Kuznetsov VD, Nikiforov VN. Nanoconstructions based on double-stranded nucleic acids. Int J Biol Macromol. 2005 V.36 P.103-115.

53. Zakharov M.A., Yevdokimov Yu.M., Skuridin S.G. and Nechipurenko Yu.D. Nanotechnology Based on Spatially Fixed ds DNA (RNA) Molecules. Nanotech 2005 Vol. 1. P. 288 – 291.

 54. Захаров М.А., Нечипуренко Ю.Д., Лорткипанидзе Г.В., Евдокимов Ю.М. Термодинамическая стабильность наноструктур, созданных на основании двухцепочечной ДНК. Биофизика 2005, Т.50, С. 1036-1041.

 55. Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Воробьев Е.А., Гроховский С.Л. и Гурский Г.В. Математические модели регуляции экспрессии генов: механические возмущения структуры ДНК. Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том.2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. С. 392-402.

 56. Воробьев Е.А, Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И и  Евдокимов Ю.М. Описание связывания хитозана с ДНК при разных ионных силах в рамках теории ионной конденсации и теории адсорбции. Биофизика 2007 Т. 52 С. 636-642.

 57. Nechipurenko Yu.D., Nechipurenko D.Yu., Polozov R.V., Grokhovsky S.L., Gursky G.V. DNA-based nanostructures: changes of Mechanical properties of DNA upon ligand binding. In collection: Nanomaterials for Application in Medicine and Biology (NATO Workshop in Bonn). Springer 2008, p. 59-67.

 58. Нечипуренко Ю.Д. Статистическая термодинамика связывания лигандов с ДНК. Российский химический журнал (Ж. Росс. Хим. Общества им. Д.И.Менделеева) 2007. Т. 51, с. 23-30.

 59. Matveeva Olga, Nechipurenko Yury, Rossi Leo, Moore Barry, Saetrom Pal, Ogurtsov Aleksey Y., Atkins John F. and Shabalina Svetlana A. Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new efficient and transparent method. NAR, 2007. v. 35, #8

http://nar.oxfordjournals.org/content/35/8/e63.full.

 60. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика 2008, Т.53, С. 417-425.

61. Lando D., Nechipurenko Yu. Distribution of unselectively bound ligands along DNA. J of Biomolecular structure and dynamics, 2008, V. 26, P. 187 – 196.

62. Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко  Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии 2009, Т. 50, С.1040-1047.

63. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д.  Математическое моделирование связывания лигандов на биочипах при биологических и медицинских исследованиях. Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том. 2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2009. С. 158-168.

64. Головкин М.В., Нечипуренко  Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Нечипуренко Ю.Д. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК. Компьютерные исследования и моделирование  2009, Т.1,  №3, С. 287–295.

65. Головкин М.В., Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в уровне заполнения репрессором оператора определяют величину экспрессии репортерного гена. Биофизика 2009, т. 54, С. 581-588.

66. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д. Свойства изотерм гибридизации при связывании лигандов на биочипах. Биофизика 2009, т. 54, С. 820-823.

68. И. А. Ильичева, Л. А. Панченко, Д. Ю. Нечипуренко, М. В. Головкин, Ю. Д. Нечипуренко, Р. В. Полозов, С. Л. Гроховский. Позиционные эффекты и эффекты последовательности при ультразвуковом расщеплении ДНК. Обозрение прикладной и промышленной математики (2009) 16, вып.4, 660-661.

69. Нечипуренко Ю.Д., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Головкин М.В., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л Конформационно-динамические свойства ДНК и подходы к физическому картированию генома.. Журнал «Компьютерные исследования и моделирование», 2010, том. 2, №4.

70. Olga V. Matveeva, Yibin Kang, Alexey N. Spiridonov, Pa°l Sætrom, Vladimir A. Nemtsov, Aleksey Y. Ogurtsov, Yury D. Nechipurenko, Svetlana A. Shabalina

Optimization of Duplex Stability and Terminal Asymmetry for shRNA Design.

PLoS ONE 5(4): e10180.

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010180

71. Sergei L. Grokhovsky, Irina A. Il’icheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov and Yury D. Nechipurenko Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA Biophysical Journal, 2011, Vol.100, N1, P.117-125.

http://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495%2810%2901440-2

Другие рубрики авторской страницы:

Авторская страница.

Литературные труды.

Научные публикации.

"Куда не кинь, всюду ян и инь" (научная и ненаучная полемика).

"Взять языка" (философия языка и культурология).

"Художник-варвар" (искусствоведение).

"Бей своих" (литературная критика).

"Какое в мире чудо?" (путешествия и приключения).

"Наше все" (гоголеведение).

РУССКАЯ ЖИЗНЬ

WEB-редактор Вячеслав Румянцев